Organisé par Ademe, OFSV, GDR, CNRS, INRA

Journée d’animation scientifique et technique sur
La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental

Le 7 novembre 2017 Centre de congrès - angers

Introduction

Dans une société où il devient urgent de réduire l’empreinte environnementale des activités humaines, l’établissement d’un diagnostic fiable de la qualité des divers écosystèmes (terrestres, aquatiques, atmosphériques) est une priorité absolue. Les microorganismes, de par leur petite taille, leur énorme diversité taxonomique et fonctionnelle, leurs capacités d’adaptations aux perturbations et leur forte implication dans les cycles biogéochimiques sont des candidats incontournables pour élaborer ce diagnostic.

Depuis une vingtaine d’années, les fortes évolutions dans le domaine de la biologie moléculaire ont permis de lever les verrous méthodologiques qui ont pendant longtemps freiné la description de la diversité microbienne environnementale et la compréhension de sa régulation. En particulier, la capacité à accéder à la totalité de l’information génétique de ces communautés dans leur habitat a transformé la compréhension du monde microbien et de son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes. Ces méthodes couvrent les différents domaines techniques de la biologie moléculaire que sont la génomique, la transcriptomique, la protéomique et la métabolomique ; qui permettent aujourd’hui de mesurer l’abondance, la diversité, l’activité et les potentialités fonctionnelles des communautés indigènes dans les différentes matrices environnementales. Les études mettant en œuvre ces approches présentent un potentiel pour de nombreuses applications qui dépasse le cadre de la recherche fondamentale. Décrire l’état de communautés dans un environnement donné permet non seulement de mieux comprendre les cycles de la matière et de l’énergie qui y sont associés, mais aussi d’estimer le niveau d’activité de cet environnement, et l’influence des perturbations qui peuvent le modifier. En d’autres termes, ceci permet d’établir un diagnostic permettant d’apprécier la qualité de l’environnement considéré.

Les Objectifs de la journée

Au regard de l’enjeu que représente aujourd’hui le développement d’un tel diagnostic environnemental, il devient important de faire un bilan de ces avancées scientifiques et méthodologiques afin de pouvoir identifier, voire hiérarchiser, les techniques les plus à-mêmes de fournir des bioindicateurs sensibles et robustes. Dans ce contexte, l’ADEME (Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Energie) et l’OFSV (Observation Français des Sols Vivants) ont coordonné un groupe d’experts nationaux afin d’élaborer un ouvrage collectif dont les objectifs sont :
• de décrire et d’expliquer les différentes techniques relevant de la microbiologie moléculaire capables de caractériser l’abondance, la diversité, l’activité et les potentialités fonctionnelles des communautés microbiennes indigènes de diverses matrices environnementales (eau, sol, air, substrats déchets…) ;
• d’identifier les techniques ayant une forte potentialité à fournir des indicateurs pertinents et robustes de la qualité biologique de notre environnement ;
• de faire un bilan des applications réelles de ces techniques pour évaluer ou remédier à l’impact des activités humaines (agricoles, industrielles, urbaines) sur les différentes matrices environnementales ;
• de proposer un tableau de bord opérationnel en microbiologie moléculaire pour effectuer un diagnostic de la qualité des matrices environnementales.

Le public attendu

Dans le cadre de la publication nationale et internationale de cet ouvrage à l’automne 2017 l’ADEME, l’OFSV et le GDR (Groupement de Recherche) de Génomique Environnementale (CNRS/INRA) organisent une journée scientifique et technique sur ce thème. Cette journée sera articulée autour de conférences scientifiques, d’exemples d’applications techniques par des organismes publics ou privés et d’une table ronde donnant la parole aux laboratoires et acteurs dans ces domaines scientifiques et d’applications. Cette journée aura pour ambition de stimuler les échanges entre chercheurs d’instituts publics, gestionnaires de sites anthropisés, étudiants, industriels, société civile, laboratoire de prestations analytiques dans le domaine environnementale, bureaux d’étude, ingénieurs d’instituts techniques (agricoles, écotoxicologie, déchets, sites urbains…) etc.

La capacité d’accueil de cette journée est limitée à 110 personnes et le coût de l’inscription est de 100€ TTC, incluant les pauses, le repas de midi et un exemplaire de l’ouvrage. Les pauses et le repas se feront dans un hall dédié aux stands des partenaires de la journée favorisant les interactions.