Organisé par Ademe, OFSV, GDR, CNRS, INRA

Journée d’animation scientifique et technique sur
La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental

Le 7 novembre 2017 Centre de congrès - angers

Objectif de la journée

Au regard de l’enjeu que représente aujourd’hui le diagnostic environnemental, les outils de biologie moléculaire sont souvent trop peu utilisés en raison d’une méconnaissance de ces outils et un manque de retour d’expériences dans leur application au terrain. Il est important de faire un bilan de ces avancées scientifiques et méthodologiques afin de pouvoir identifier, voire hiérarchiser, les techniques les plus à-mêmes de fournir des bioindicateurs sensibles et robustes dans les différents compartiments environnementaux : eau, sol, déchets et air.

Cette journée a pour ambition de stimuler les échanges entre chercheurs d’instituts publics, industriels, bureaux d’études, gestionnaires de sites pollués, laboratoire d’analyse, ingénieurs d’instituts techniques (agricoles, déchets, urbanisme…). Elle sera articulée autour de conférences scientifiques, d’exemples d’applications techniques par des organismes publics ou privés et d’une table ronde donnant la parole aux laboratoires et acteurs dans le domaine de l’environnement.

A l'occasion de cette journée, nous présenterons le livre publié par l'Ademe :
"La métagénomique au service du diagnostic environnemental"

Coordination scientifique de cette journée

Phillipe Cuny

Philippe Cuny

Titulaire d'un doctorat en océanologie de l'Université de la Méditerranée (Aix-Marseille 2) obtenu en 1997, Philippe Cuny a intégré le Centre d'Océanologie de Marseille en 1999. Il est actuellement Professeur des universités à Aix-Marseille Université à l'Observatoire des Sciences de l'Univers Institut Pythéas. Il effectue sa recherche à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO, UM 110) au sein de l'équipe Microbiologie Environnementale Biotechnologie. Son travail scientifique s'inscrit dans une démarche intégrative pluridisciplinaire qui s'appuie fortement sur l'utilisation de la microbiologie moléculaire afin de comprendre la réponse des écosystèmes aux forçages majeurs, notamment anthropiques. Ses travaux portent notamment sur l’étude du devenir et de l’impact des hydrocarbures pétroliers dans les écosystèmes sédimentaires marins. L'effet des conditions extrêmes (gradients d'oxygène, salinité) sur la biodisponibilité, les voies et les cinétiques de biodégradation des hydrocarbures pétroliers est également étudié. Au sein du MIO, il est coresponsable de l'animation d'un axe thématique portant sur l'étude de la dynamique de contaminants modèles dans les écosystèmes marins. Depuis deux ans, il participe au développement d'une approche de vulnérabilité en Guyane en tant que coresponsable d'un axe d'un groupement de recherche de l'INEE (GdR LiGA " Littoral de Guyane sous influence Amazonienne : dynamiques et vulnérabilités des communautés et des écosystèmes ").


Pierre-Alain Maron

Pierre-Alain Maron

Titulaire d’un doctorat en écologie microbienne du sol obtenu à l’université Claude Bernard Lyon 1 en 2003, Pierre-Alain Maron a intégré l’INRA en 2005 et est actuellement directeur de recherche dans l’unité "Agroécologie" de Dijon (INRA/AgroSup Dijon/Université Bourgogne Franche-Comté). Au cours de sa carrière, il a contribué au développement d’outils moléculaires de caractérisation de la diversité des communautés microbiennes du sol basés sur l’analyse du métagénome et du métaprotéome. Depuis 10 ans, il met en œuvre ces approches dans le cadre de sa thématique de recherche centrée sur l’étude du lien entre la diversité des communautés microbiennes et le fonctionnement biologique du sol. Ses travaux ont permis de démontrer l’importance de la diversité microbienne dans de nombreuses fonctions déterminantes pour la fertilité du sol et la qualité de l’environnement (décomposition de la matière organique, transformations de l’azote, assurance écologique, barrière à l’implantation d’espèces pathogènes). Ils illustrent le potentiel que peut représenter la gestion de la biodiversité microbienne comme levier pour optimiser le fonctionnement du sol. En termes de recherche finalisée, ses travaux ont ainsi contribué à valider l’utilisation des outils de caractérisation de la diversité des communautés comme bio-indicateurs de l’état et du fonctionnement biologique du sol.


Lionel Ranjard

Lionel Ranjard

Titulaire d’un doctorat en écologie microbienne du sol de l’université Claude Bernard Lyon 1, Lionel Ranjard a intégré l’INRA de Dijon en 2001 au sein de l’UMR Microbiologie du sol et de l’environnement. Il est actuellement Directeur de recherche au sein de l’unité "Agroécologie" de Dijon (INRA/AgroSup Dijon/Université Bourgogne Franche-Comté). Au sein de l’INRA il a adapté les outils et les concepts qu’il avait développé en thèse pour étudier la biodiversité des sols des agrosystèmes et l’impact des pratiques agricoles. Depuis 10 ans il a développé la thématique de Biogéographie Microbienne par l’application des outils de métagenomique du sol sur le RMQS (Réseau de Mesures de la Qualité des Sols). Une des résultantes opérationnelles de ce projet a été la création de la plateforme GenoSol en 2008. Cette approche lui a permis de caractériser la diversité des communautés microbiennes à l’échelle de la France, d’aborder les processus écologiques impliqués dans la distribution à grande échelle des communautés microbiennes et de générer un Atlas national de la diversité microbienne des sols Français. En parallèle, il a profité de l’opportunité de travailler sur un grand nombre de sols pour valider les outils moléculaires de caractérisation de la diversité microbienne du sol en tant que bio indicateur robuste de la qualité des sols. Depuis 5 ans, il a développé des projets de sciences participatives directement avec les agriculteurs pour les former et les équiper à la biologie du sol afin qu’ils fassent évoluer leurs pratiques dans le contexte de la transition agroécologique.


Liste des auteurs de l’ouvrage

Inra (Institut national de la recherche agronomique)
Arrouays Dominique (US Infosol, Orléans)
Bouchez Agnès (UMR Carrtel, Thonon)
Dequiedt Samuel. (UMR Agroécologie, Dijon)
Domaizon Isabelle (UMR Carrtel, Thonon)
Godon Jean-Jacques (UMR LBE, Narbonne)
Hartmann Alain (UMR Agroécologie, Dijon)
Horrigue Walid (UMR Agroécologie, Dijon)
Houot Sabine (UMR Ecosys, Grignon)
Jolivet Claudy (US Infosol, Orléans)
Le Goff Olivier (UMR LBE, Narbonne)
Maron Pierre-Alain (UMR Agroécologie, Dijon)
Martin-Laurent Fabrice (UMR Agroécologie, Dijon)
Mougel Christophe (UMR IGEPP, Rennes)
Munier Jollain Nicolas (UMR Agroécologie, Dijon)
Ranjard Lionel (UMR Agroécologie, Dijon)
Rimet Frédéric (UMR Carrtel, Thonon)
Saby Nicolas (US Infosol, Orléans)
Terrat Sébastien (UMR Agroécologie, Dijon)
Viollet Amandine (UMR Agroécologie, Dijon)
Wery Nathalie (UMR LBE, Narbonne)

Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement)
Lienhard Pascal (Vientiane, Laos)

CNRS (Centre national de la recherche scientifique)
Bonin Patricia (UM 110, Marseille)
Debroas Didier (UMR LMGE, Clermont Aubière)
Dufresne Alexis (UMR Écobio, Rennes)
Nazaret Sylvie (UMR LEM, Lyon)
Sylvi Léa (UM110, Marseille)

AGROSUP DIJON : Chemidlin Prévot Bouré Nicolas (UMR Agroécologie, Dijon)
Sadet Bourgeteau Sophie (UMR Agroécologie, Dijon)

UNIVERSITÉS :
Atkinson Alexandre (Institut méditerranéen d’océanographie, Aix-Marseille Université)
Corsellis Yannick (Institut méditerranéen d’océanographie, Aix-Marseille Université)
Philippe Cuny (Institut méditerranéen d’océanographie, OSU Institut Pythéas, Aix-Marseille Université)
Debroas Didier (UMR LMGE, université de Clermont-Ferrand)
Dufresne Alexis (UMR Écobio, université de Rennes)
Favre Bonté Sabine (UMR LEM, université Lyon I)
Gasc Cyrielle (université de Clermont-Ferrand)
Gaüzère Carole (CSTB, université Paris-Est)
Lyautey Émilie (UMR Carrtel, Université de Savoie)
Michotey Valérie (Institut méditerranéen d’océanographie, OSU Institut Pythéas, Aix-Marseille Université)
Militon Cécile (Institut méditerranéen d’océanographie, OSU Institut Pythéas, Aix-Marseille Université)
Moletta-Denat Marina (CSTB, université Paris-Est)
Peyret Pierre (université de Clermont-Ferrand)
Quaiser Achim (UMR Écobio, université de Rennes)
Robine Enric (CSTB, université Paris-Est)

IRD (Institut de recherche pour le développement)
Armougom Fabrice (IR, UM 110, Marseille)

Irstea Antony (Institut national de recherche en sciences et technologies pour l’environnement et l’agriculture)
Bernard Claire
Bize Ariane
Bouchez Théodore
Bridier Arnaud
Goubet Anne
Juzan Lauriane
Le Quéméner Elie Desmond
Mazeas Laurent
Pernelle Jean-Jacques

HELMHOLTZZENTRUM MUNICH
Roullier-Gall Chloé
Schmitt-Koplin Philippe

BRGM Orléans (Bureau de recherche géologique et minière)
Hellal Jennifer
Hubé Daniel
Joulian Catherine
Laperche Valérie
Mauffret Aourell

ENOVEO :
Monier Jean-Michel
Sibourg Olivier

Genoscreen :
Ferreira Stéphanie

Sanofi :
Jeannin Pascale

Welience Agroenvironnement :
Blieux Anne-Laure