Organisé par Ademe, OFSV, GDR, CNRS, INRA

Journée d’animation scientifique et technique sur
La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental

Le 7 novembre 2017 Centre de congrès - angers

Phillipe Cuny

Philippe Cuny

Titulaire d'un doctorat en océanologie de l'Université de la Méditerranée (Aix-Marseille 2) obtenu en 1997, Philippe Cuny a intégré le Centre d'Océanologie de Marseille en 1999. Il est actuellement Professeur des universités à Aix-Marseille Université à l'Observatoire des Sciences de l'Univers Institut Pythéas. Il effectue sa recherche à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO, UM 110) au sein de l'équipe Microbiologie Environnementale Biotechnologie. Son travail scientifique s'inscrit dans une démarche intégrative pluridisciplinaire qui s'appuie fortement sur l'utilisation de la microbiologie moléculaire afin de comprendre la réponse des écosystèmes aux forçages majeurs, notamment anthropiques. Ses travaux portent notamment sur l’étude du devenir et de l’impact des hydrocarbures pétroliers dans les écosystèmes sédimentaires marins. L'effet des conditions extrêmes (gradients d'oxygène, salinité) sur la biodisponibilité, les voies et les cinétiques de biodégradation des hydrocarbures pétroliers est également étudié. Au sein du MIO, il est coresponsable de l'animation d'un axe thématique portant sur l'étude de la dynamique de contaminants modèles dans les écosystèmes marins. Depuis deux ans, il participe au développement d'une approche de vulnérabilité en Guyane en tant que coresponsable d'un axe d'un groupement de recherche de l'INEE (GdR LiGA " Littoral de Guyane sous influence Amazonienne : dynamiques et vulnérabilités des communautés et des écosystèmes ").


Pierre-Alain Maron

Pierre-Alain Maron

Titulaire d’un doctorat en écologie microbienne du sol obtenu à l’université Claude Bernard Lyon 1 en 2003, Pierre-Alain Maron a intégré l’INRA en 2005 et est actuellement directeur de recherche dans l’unité "Agroécologie" de Dijon (INRA/AgroSup Dijon/Université Bourgogne Franche-Comté). Au cours de sa carrière, il a contribué au développement d’outils moléculaires de caractérisation de la diversité des communautés microbiennes du sol basés sur l’analyse du métagénome et du métaprotéome. Depuis 10 ans, il met en œuvre ces approches dans le cadre de sa thématique de recherche centrée sur l’étude du lien entre la diversité des communautés microbiennes et le fonctionnement biologique du sol. Ses travaux ont permis de démontrer l’importance de la diversité microbienne dans de nombreuses fonctions déterminantes pour la fertilité du sol et la qualité de l’environnement (décomposition de la matière organique, transformations de l’azote, assurance écologique, barrière à l’implantation d’espèces pathogènes). Ils illustrent le potentiel que peut représenter la gestion de la biodiversité microbienne comme levier pour optimiser le fonctionnement du sol. En termes de recherche finalisée, ses travaux ont ainsi contribué à valider l’utilisation des outils de caractérisation de la diversité des communautés comme bio-indicateurs de l’état et du fonctionnement biologique du sol.


Lionel Ranjard

Lionel Ranjard

Titulaire d’un doctorat en écologie microbienne du sol de l’université Claude Bernard Lyon 1, Lionel Ranjard a intégré l’INRA de Dijon en 2001 au sein de l’UMR Microbiologie du sol et de l’environnement. Il est actuellement Directeur de recherche au sein de l’unité "Agroécologie" de Dijon (INRA/AgroSup Dijon/Université Bourgogne Franche-Comté). Au sein de l’INRA il a adapté les outils et les concepts qu’il avait développé en thèse pour étudier la biodiversité des sols des agrosystèmes et l’impact des pratiques agricoles. Depuis 10 ans il a développé la thématique de Biogéographie Microbienne par l’application des outils de métagenomique du sol sur le RMQS (Réseau de Mesures de la Qualité des Sols). Une des résultantes opérationnelles de ce projet a été la création de la plateforme GenoSol en 2008. Cette approche lui a permis de caractériser la diversité des communautés microbiennes à l’échelle de la France, d’aborder les processus écologiques impliqués dans la distribution à grande échelle des communautés microbiennes et de générer un Atlas national de la diversité microbienne des sols Français. En parallèle, il a profité de l’opportunité de travailler sur un grand nombre de sols pour valider les outils moléculaires de caractérisation de la diversité microbienne du sol en tant que bio indicateur robuste de la qualité des sols. Depuis 5 ans, il a développé des projets de sciences participatives directement avec les agriculteurs pour les former et les équiper à la biologie du sol afin qu’ils fassent évoluer leurs pratiques dans le contexte de la transition agroécologique.


Pierre Peyret

Pierre Peyret

Titulaire d'un doctorat en biologie moléculaire de l'Université Blaise Pascal (Clermont-Fd) obtenu en 1994, Pierre Peyret a été recruté dans cette même université en 1995. Il est actuellement Professeur des universités à l’Université Clermont Auvergne (UCA) et dirige l’UMR MEDIS (Microbiologie Environnement Digestif et Santé) sous la double tutelle UCA-INRA. Il a également été directeur adjoint et responsable d’équipe au sein de l’UMR UBP-CNRS LMGE (Laboratoire Microorganismes Génome et Environnement). Son travail scientifique s'inscrit dans la compréhension du fonctionnement des écosystèmes microbiens et des mécanismes d’adaptations des communautés microbiennes en contact avec des contaminants chimiques. Des développements originaux de nouvelles stratégies de caractérisations des microbiotes par des approches de biopuces ADN et de capture de gènes par hybridation ont été réalisés. De même, de nouveaux algorithmes bioinformatiques ont été conçus pour faciliter l’exploration des échantillons métagénomiques et métatranscriptomiques. Il est également le responsable scientifique de la plate-forme Auvergne Bioinformatique (AuBi) intégrée au réseau national de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).