Organisé par Ademe, OFSV, GDR, CNRS, INRA
Journée sur la microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental

L’ADEME, L’observatoire Français des Sols Vivants et le GDR Génomique Environnementale vous proposent une

Journée d’animation
scientifique et technique sur

La microbiologie moléculaire
au service du diagnostic environnemental

Le 7 novembre 2017
Centre de congrès - angers

Introduction

Dans une société où il devient urgent de réduire l’empreinte environnementale des activités humaines, l’établissement d’un diagnostic fiable de la qualité des divers écosystèmes (terrestres, aquatiques, atmosphériques) est une priorité absolue. Les microorganismes, de par leur petite taille, leur énorme diversité taxonomique et fonctionnelle, leurs capacités d’adaptations aux perturbations et leur forte implication dans les cycles biogéochimiques sont des candidats incontournables pour élaborer ce diagnostic.

• Les objectifs de la journée

• Le public attendu

Introduction

Pré-programme de la journée

9h-9h30 Accueil café
9h30-9h45 Introduction de la journée P Wincker (CEA Genoscope)
9h45-10h Présentation du livre « La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental » (P Cuny, PA Maron, L Ranjard)
10h-10h20 La métagénomique au service du diagnostic environnemental. P Peyret
10h20-11h 7 présentations Flash* de 5 mn pour des applications d’outils de métagénomique (eau, sol, air, déchets)
  • Flash 1 : S Courtois (Suez) Evaluation du risque microbiologique dans les eaux : application des outils moléculaires
  • Flash 2 : J Hellal (BRGM) : Diagnostic microbiologique d’un site multi-contaminé.
  • Flash 3 : I Domaizon (INRA Thonon) : Détection et quantification des cyanobactéries potentiellement toxiques en milieu lacustre.
  • Flash 4 : JJ Godon (INRA Narbone) : Identification de bioindicateurs d’émission d’aérosol par les plateformes de compostage.
  • Flash 5 : T Bouchez (IRSTEA) Diagnostic des dynamiques méthanogènes au sein de bioprocédés de méthanisation : couplage d'approches isotopiques et métagenomiques
  • Flash 6 : L Ranjard (INRA Dijon) : Diagnostic microbiologique de la qualité des sols : du territoire national aux sols agricoles.
  • Flash 7 : C Gasc (Univ Clermont Auvergne INRA) : Evaluation des capacités de bioremédiation des communautés microbiennes de sols pollués par des approches de capture de gènes et de biopuces ADN
11h-11h15 Discussion autour des flash
11h15-11h35 La métatranscriptomique au service du diagnostic environnemental. A Quaiser, A Dufresne
11h35-11h50 3 présentations flash autour de l’application de la métatranscriptomique
  • Flash 1 : C Militon (Univ Aix Marseille) : Diagnostic microbiologique de l'évolution d'une contamination pétrolière dans des sédiments intertidaux côtiers
  • Flash 2 : C Defois (Univ Clermont Auvergne INRA) : Métatranscriptomique et marqueurs d'exposition microbiens.
  • Flash 3 : S Lacroix (Veolia) : Métatranscriptomique appliquée au diagnostic de la digestion anaérobie
11h50-12h Discussion autour des flashs
12h-13h30 Repas
13h30-13h45 La métaprotéomique au service du diagnostic environnemental. PA Maron
13h45-14h 2 présentations flash autour de l’application de la métaprotéomique
  • Flash 1 : T Bouchez (IRSTEA) : Métaprotéomique appliquée à la compréhension des processus microbiens de digestion anaérobie de la cellulose.
  • Flash 2 : PA Maron (INRA Dijon) : Application de la métaprotéomique microbienne aux sols et l’eau.
  • Flash 3 : G Hernandez–Raquet (INRA Toulouse) : La métaprotéomique pour l'optimisation des procédés biotechnologiques
14h-14h10 Discussion autour des flash
14h10-14h30 La métabolomique au service du diagnostic environnemental. L Mazeas
14h30-14h40 1 présentation flash autour de l’application de la métabolomique
  • Flash 1 : T Bouchez, titre à définir
14h40-14h50 Discussion autour des flash
14h50- 15h30 L’intégration des données multi-omiques : une vue globale sur la présence et l’activité de populations microbiennes clés. P Wilmes
15h30-16h Pause
16h-16h20 Quel tableau de bord analytique pour quelle question et quelle matrice environnementale ? S Ferreira (Genoscreen) / S Dequiedt (INRA)
16h20-16h40 Présentation de l’offre de prestation en microbiologie moléculaire en France : ENOVEO, Genoscreen, Wellience, Aurea
16h40-17h30 Table ronde : Formaliser le besoin de diagnostic, la parole aux utilisateurs.
17h30 -17h45 Conclusion du colloque par un représentant de l’ADEME

Comité d'organisation

P Peyret (Univ Clermont Ferrand)

T Bouchez (IRSTEA Anthony)

P Cuny (Univ Aix Marseille)

PA Maron (INRA Dijon)

L Ranjard (INRA Dijon)

E D’Oiron (Observatoire Français des Sols Vivants)

A Bispo (ADEME)

I Desportes (ADEME)

C Grand (ADEME)