Organisé par Ademe, OFSV, GDR, CNRS, INRA
Journée sur la microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental

L’Observatoire Français des Sols Vivants, le GDR Génomique Environnementale et l'ADEME vous proposent une

Journée d’animation
scientifique et technique sur

La microbiologie moléculaire
au service du diagnostic environnemental

Le 7 novembre 2017
Centre de congrès - angers

Attention : il ne reste que 15 places !

Le coût de l’inscription est de 100€ TTC, incluant les pauses, le repas de midi et un exemplaire de l’ouvrage. Les pauses et le repas se feront dans un hall dédié aux stands des partenaires de la journée favorisant les interactions

Objectif de la journée

Au regard de l’enjeu que représente aujourd’hui le diagnostic environnemental, les outils de biologie moléculaire sont souvent trop peu utilisés en raison d’une méconnaissance de ces outils et un manque de retour d’expériences dans leur application au terrain. Il est important de faire un bilan de ces avancées scientifiques et méthodologiques afin de pouvoir identifier, voire hiérarchiser, les techniques les plus à-mêmes de fournir des bioindicateurs sensibles et robustes dans les différents compartiments environnementaux : eau, sol, déchets et air

Introduction

Programme de la journée

9h-9h30 Accueil café
9h30-9h45 Introduction de la journée P Wincker (CEA Genoscope)
9h45-10h Présentation du livre « La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental » (P. Cuny (Univ Aix Marseille), P.A. Maron (INRA), L. Ranjard (INRA Dijon))
10h-10h20 La métagénomique au service du diagnostic environnemental. P. Peyret (Univ Auvergne)
10h20-11h 7 présentations Flash* de 5 mn pour des applications d’outils de métagénomique (eau, sol, air, déchets)
  • Flash 1 : S. Courtois (Suez) Evaluation du risque microbiologique dans les eaux : application des outils moléculaires
  • Flash 2 : J. Hellal (BRGM) : Diagnostic microbiologique d’un site multi-contaminé.
  • Flash 3 : I. Domaizon (INRA Thonon) : Détection et quantification des cyanobactéries potentiellement toxiques en milieu lacustre.
  • Flash 4 : J.J. Godon (INRA Narbone) : Identification de bioindicateurs d’émission d’aérosol par les plateformes de compostage.
  • Flash 5 : T. Bouchez (IRSTEA) Diagnostic des dynamiques méthanogènes au sein de bioprocédés de méthanisation : couplage d'approches isotopiques et métagenomiques
  • Flash 6 : L. Ranjard (INRA Dijon) : Diagnostic microbiologique de la qualité des sols : du territoire national aux sols agricoles.
  • Flash 7 : C. Gasc (Univ Auvergne INRA) : Evaluation des capacités de bioremédiation des communautés microbiennes de sols pollués par des approches de capture de gènes et de biopuces ADN
11h-11h15 Discussion autour des flash
11h15-11h35 La métatranscriptomique au service du diagnostic environnemental. E. Pelletier (CEA)
11h35-11h50 3 présentations flash autour de l’application de la métatranscriptomique
  • Flash 1 : C. Militon (Univ Aix Marseille) : Diagnostic microbiologique de l'évolution d'une contamination pétrolière dans des sédiments intertidaux côtiers
  • Flash 2 : C. Defois (Univ Clermont INRA) : Métatranscriptomique et marqueurs d'exposition microbiens.
  • Flash 3 : S. Lacroix (Veolia) : Métatranscriptomique appliquée au diagnostic de la digestion anaérobie
11h50-12h Discussion autour des flashs
12h-13h15 Repas
13h15-13h30 La métaprotéomique au service du diagnostic environnemental. P.A. Maron(INRA)
13h30-13h45 2 présentations flash autour de l’application de la métaprotéomique
  • Flash 1 : P.A. Maron (INRA Dijon) : Application de la métaprotéomique microbienne aux sols et l’eau.
  • Flash 2 : T. Bouchez (IRSTEA) : Métaprotéomique appliquée à la compréhension des processus microbiens de digestion anaérobie de la cellulose.
  • Flash 3 : G. Hernandez–Raquet (INRA Toulouse) : La métaprotéomique pour l'optimisation des procédés biotechnologiques
13h45-13h55 Discussion autour des flash
13h55-14h15 La métabolomique au service du diagnostic environnemental. T. Bouchez (IRSTEA)
14h15-14h25 1 présentation flash autour de l’application de la métabolomique
  • Flash 1 : Métabolomique appliquée au diagnostic de la méthanisation. T. Bouchez (IRSTEA)
14h25-14h35 Discussion autour des flash
14h35- 15h05 L’intégration des données multi-omiques : une vue globale sur la présence et l’activité de populations microbiennes clés. E. Muller (CNRS)
15h05-15h30 Pause
15h30-15h50 Quel tableau de bord analytique pour quelle question et quelle matrice environnementale ? S. Ferreira (Genoscreen) / S. Dequiedt (INRA)
15h50-16h15 Présentation de l’offre de prestation en microbiologie moléculaire en France : ENOVEO, Genoscreen, Wellience, Aurea, INRA Transfert Environnement
16h15-17h05 Table ronde : Formaliser le besoin de diagnostic, la parole aux utilisateurs.
17h05-17h15 Conclusion du colloque par un représentant de l’ADEME

Comité d'organisation

P. Peyret (Univ Auvergne)

T. Bouchez (IRSTEA Anthony)

P. Cuny (Univ Aix Marseille)

P.A. Maron (INRA Dijon)

L. Ranjard (INRA Dijon)

E. D’Oiron (Observatoire Français des Sols Vivants)

A. Bispo (ADEME)

I. Deportes (ADEME)

C. Grand (ADEME)